La Maddalena a changé de nom plusieurs: Les Romains l'appelèrent Ilva, Fussa et Bucina et au Moyen-Age l'île a été connue sous le nom "Bicinara" avant d'être donné le nom de Santa Maria Magdalena dans le 16ème siècle. Après cela, il est finalement devenu connu sous le nom de La Maddalena.
Le archipel de la Maddalena, est connu à partir des preuves archéologiques d'avoir été occupé à l'époque préhistorique, mais son histoire écrite commence avec l'Empire romain.
Avec la chute de l'Empire romain les îles ont été complètement abandonnés jusqu'à ce que le 12ème siècle, quand il a été choisi par les moines bénédictins fondée petites communautés là-bas. Les îles ont fait l'objet d'un différend entre les républiques de Pise et de Gênes dans le 12ème siècle.
En 1584, tous les monastères sur les îles ont été détruites par l'un des raids ottoman. Au XVII e siècle bergers ont commencé à apporter leurs troupeaux sur les îles dans les mois d'hiver.
Son emplacement dans le détroit de Bonifacio, à travers lequel le trafic maritime doit passer beaucoup, a tourné l'archipel dans une position militaire stratégique. En 1767, elle fut occupée par la Maison de Savoie-Piémont. Le noyau de l'actuelle ville de La Maddalena, puis a émergé.
En 1793, une expédition française, dans laquelle Napoléon Bonaparte a pris part, unsucsessfully essayé d'occuper l'île. C'était le premier combat de l'expérience Napoléon Bonaparte. Pendant tout l'amiral les guerres napoléoniennes Goratio Nelson utilisé l'archipel de La Maddalena en tant que base pour sa flotte dans les actions contre les Français.
Une base a été établi ici par l'Italien Regia Marina (Marine royale) en 1887. En 1943, pendant la Seconde Guerre mondiale, Benito Mussolini a été brièvement détenu prisonnier ici.
De 1972 à 2008, il y avait une base de l'OTAN sur l'île voisine de Santo Stefano. La base de l'OTAN a accueilli une caserne de la Marine italienne et il a servi en tant que port d'attache pour les appels d'offres des États-Unis plusieurs sous-marins de la Marine au fil des ans, se terminant avec le départ de la Terre USS Emory S., qui mit à la voile pour son nouveau port d'attache de Bremerton, Washington. La base navale américaine de fermeture officielle en Janvier 2008, se terminant la présence 35 années aux États-Unis à La Maddalena.
Au cours de la période pendant laquelle l'armée américaine a eu une présence sur l'île, l'événement le plus marquant s'est produit le 25 Octobre 2003, lorsque sous-marin USS Hartford s'est échoué avec une force suffisante pour endommager considérablement son gouvernail, le sonar et de l'électronique.
La Maddalena prête maintenant son nom à un parc national italien situé dans l'archipel.